表观基因组学新颖测序技术的开发

表观基因组学新颖测序技术的开发

2019年10月10日下午,应“蛋白质与植物基因研究国家重点实验室” 邀请,加州大学圣地亚哥分校Ludwig癌症研究所于淼博士在金光生命科学楼208室为大家做了题为《Development of novel sequencing methods to probe genomic features beyond primary sequence》的学术报告。报告由伊成器教授主持。

于淼博士在博士期间发展了5-羟甲基胞嘧啶测序技术的金标准TAB-seq,博后期间主要研究兴趣在3D基因组学方向。报告会上于博士首先介绍了3D基因组学近年来的迅速发展,该领域的研究为理解基因表达调控提供了新的方向,基于高通量测序的染色质构象捕获技术帮助我们发现了基因组复杂的三维组织形式。之后于淼博士主要介绍了博后期间发展的PLAC-seq技术,该技术用于鉴定基因组的三维构像以及探究其如何调控基因表达。通过结合Hi-C和染色质免疫沉淀(Chip)技术,大大降低了样本投入量和测序费用,一定程度上解决了已有技术存在的局限。于淼博士介绍,PLAC-seq相比之前的技术在鉴定远程的染色质相互作用方面有更高的效率和准确度,可以对选定的基因组区域上的远程染色质相互作用进行高分辨率分析。远程染色质环的形成,对远端增强子的靶基因转录激活起到关键作用。解析其结构特点,可以帮助确定目标基因的增强子,并注释与人类疾病有关的非编码序列变异。

在提问环节,于淼博士就远程染色质相互作用在基因表达调控以及相关人类疾病的发生发展中发挥的作用进行了更加细致地阐述,与在场师生进行了深入讨论。